Измените конфигурацию, ограничив возможные клиенты и потоки:
ThreadLimit 40 MaxClients 40
Если это поможет - ОК. Если нет - отрежь больше.
В выводе netstat я вижу, что множество соединений происходит с одного IP-адреса. Это может означать, что ваш сайт плохо спроектирован - например, множество фреймов - каждый из них создаст поток на вашей стороне. Возможно, вы захотите изменить дизайн сайта. Также проверьте, насколько велик ваш сайт, и если у вас много изображений в высоком разрешении и т. Д. Подумайте о бесплатных сервисах облачного кеша, таких как cloudflare.com, которые могут немного освободить ваш процессор.