Посмотрите на matplotlib от sourceforge.
Существует простое расширение для 3D-графики mplot3d
.
Набор инструментов mplot3d добавляет простые возможности трехмерного построения к matplotlib, предоставляя объект оси, который может создавать 2-мерную проекцию трехмерной сцены. В конце он создает список 2d строк и патчей, которые рисуются обычным кодом matplotlib. Таким образом, полученный график будет выглядеть так же, как и обычные 2D-графики.
Вы можете проверить некоторые образцы по этой ссылке, чтобы увидеть, работает ли он для вас.