Эта ошибка происходит из mod_evasive
модуля Apache.
Я установил apache mod_evasive для защиты от DoS, и я не знал, что, просто установив этот модуль, он воздействует на apache, и конфигурация по умолчанию (не существующая) для этого модуля довольно агрессивна для современных сервисных веб-приложений.
Я создал /etc/apache2/mods-available/mod-evasive.conf
конфигурацию по умолчанию для этого модуля с более высокими лимитами, и проблема решена.