Apache возвращает 404 из каталога / dir1 / dir2 / file, даже если он правильно работает из / dir1 / file, а разрешения и права доступа к двум каталогам совпадают.
В реальных условиях я пытаюсь отладить, почему certbot не проходит аутентификацию webroot. Он создает две директории в корне веб-сервера (.well-known и acme-challenge), а затем помещает файл в acme-challenge. Серверу аутентификации не удается прочитать файл (например, domain.com/.well-known/acme-challenge/somefile). То же самое происходит из браузера. Странно то, что любой файл в domain.com/.well-known/ обслуживается. Разрешения 755 для обоих каталогов и 644 для файлов.
Настройка Debian 8 / Apache 2.4 / виртуальный хост
Решено .. Испонфиг помехи с псевдонимом. сожалею