Оставьте это операционной системе. Он должен быть в состоянии найти наиболее эффективную загрузку / назначение процессора самостоятельно.
Здесь важно то, что вы не можете распределить один поток по нескольким ядрам, даже если он будет более эффективным. Если приложение не построено для многопоточности, вы не можете ничего сделать, чтобы заставить его использовать больше ядер.
В целом, балансировка нагрузки работает. Что вы можете сделать, это запустить что-то параллельно самостоятельно. Например, используйте два экземпляра ffmpeg для одновременного преобразования двух разных файлов. Предполагая, что ваше другое оборудование достаточно быстрое, вы должны увидеть, что оба процесса занимают около 12,5% ЦП, что в сумме составляет 25%.