Вам необходимо использовать Tools > Configuration Files > filetypes.commonпункт меню.
Он автоматически создаст .config/geany/filedefs/filetypes.commonфайл для вас.
Вы также можете скопировать его вручную из /usr/share/geany/filetypes.common.
Чтобы установить форму каретки, вам нужно изменить caret=caretлинию на caret=caret;;true.