Я не думаю, что NppFTP поддерживает туннелирование изначально.
Но вы можете использовать туннель, созданный в PuTTY или WinSCP в NppFTP.
Например, если вы настраиваете туннель в PuTTY, вы можете подключиться к перенаправленному порту в NppFTP, если вы оставляете сеанс PuTTY открытым.
Аналогично с туннелем WinSCP. В WinSCP вы должны установить фиксированный «Локальный туннельный порт», а не «автоматический выбор» по умолчанию.