Файл Web.config загружается, когда среда выполнения ASP.NET загружает ваш веб-сайт. Это разовое действие, когда веб-сайт перезапускается. Таким образом, размер 1 МБ не должен замедлять работу вашего сайта.
Тем не менее, основной вопрос: в какой момент вы соответствуете IP-адрес веб-сайта? если это еще не сделано, посоветует ограничить доступ через HTTP-модуль и поместить его в конвейер ASP.NET в самом начале.
Может быть другой способ заблокировать страны - например, на сетевом уровне. У вас должна быть дыра в брандмауэре вашей организации, чтобы открыть сайт. Вы можете попытаться скоординировать действия с вашей сетевой инфраструктурой, заблокировать ее только на уровне брандмауэра, что позволит избежать любого входящего трафика из заблокированных стран.