Две возможности:
Первая возможность: попросите коллегу использовать фильтр Endnote «Экспорт BibTeX» для экспорта базы данных в формат BibTeX. Помните, что Endnote позволяет вам писать свои собственные фильтры экспорта, и нетрудно написать лучший фильтр экспорта BibTeX, чем предоставленный.
Вторая возможность: Проинструктируйте вашего коллегу сохранить базу данных (из Endnote) в собственном формате Endnote-XML Endnote (предположительно, в текстовом представлении обычного формата Endnote). После этого вы сможете использовать bibutils для преобразования файла Endnote-XMl в различные другие форматы (BibTeX и несколько менее известных).
Доступны различные справочные менеджеры, использующие BibTeX в качестве базового формата: мой любимый Jabref (это Java-программа, которая работает в Windows и Linux). Кроме того, файлы BibTeX довольно легко редактировать с помощью вашего любимого текстового редактора.
В идеале вы хотите убедить своего коллегу перейти с Endnote на JabRef. Чтобы свести к минимуму травму, вы можете указать, что есть конвертер BibTeX в Endnote, который позволит ему / ей выручить, если все это станет слишком много. Конвертер BibTeX-Endnote доступен по адресу http://sydney.edu.au/engineering/it/~tapted/bib2endnote.html и настолько удобен, что даже может импортировать курсив BibTeX (гораздо проще, чем пытаться выделить курсивом в Endnote).
Единственная моя критика в отношении JabRef - то, что его фильтр экспорта MS-Word 2007 был не совсем правильным в прошлый раз, когда я смотрел. Мой обходной путь - использовать bibutils для преобразования файла BibTeX в формат XML, используемый инструментом библиографии Word 2007 (но для этого все же требуется небольшая постобработка, чтобы устранить путаницу между «Journal» и «Periodical»; я использую небольшой скрипт для этого убираю).
Вы не говорите, как вы производите документы на вашем компьютере с Linux. Если вы используете [La] TeX, то очевидным будет использовать формат BibTeX (конечно, с программой bibtex!). Если вы используете ConTeXt, то bibtex по-прежнему вариант. Если вы используете [Open | Libre] Office, то вам, возможно, захочется взглянуть на различные расширения, которые обеспечивают взаимодействие, например, с bibtex.
Я не имею никакого отношения к какой-либо из вышеперечисленных программ: мои ответы отражают то, что работает для меня.