Вы используете одну и ту же цветовую схему в vim и gvim?
Если вы установите одинаковую цветовую схему, они должны выглядеть ближе (при условии, что терминал поддерживает цвета в цветовой схеме). Если это не так, вы можете изменить цветовую схему, отредактировав $VIMRUNTIME/colors/nameOfColorschemeFile
или создав собственную в своей домашней директории vim.
Вы можете установить цветовую схему в vim / gvim с помощью
:colorscheme nameOfColorscheme