cmder - это просто набор ConEmu, конфигурации и некоторых сторонних инструментов. Сначала вам нужно обновить ConEmu до последней версии предварительного просмотра или альфа-сборки.
ConEmu не отображается в AltTabсписке, если вы скрываете его из панели задач (Настройки >> Панель задач >> Кнопки панели задач).
В основном он используется в режиме Quake при доступе к ConEmu с помощью Ctrl`или другой горячей клавиши быстрого доступа.