Проблема была в том, что Eclipse CDT не удалось запустить g ++ для получения включений препроцессора и настроек компилятора. Не удалось с ошибкой «недостаточно памяти».
Проблема усугубилась тем, что моему компьютеру не хватило памяти. sysctl -w vm.overcommit_memory=1
Помогло включение overcommit с помощью. Я думаю, что разветвление java с его огромным распределением памяти испугало ядро, заставив думать, что оно понадобится снова.