Вместо изменения директивы в блоке по умолчанию вы должны использовать отдельный блок специально для вашего каталога проекта:
<Directory /var/www/html/project1> Options Indexes FollowSymLinks AllowOverride All Order allow,deny allow from all Require all granted </Directory> Это позволит использовать только файлы .htaccess в этом конкретном каталоге.
Ошибка 500, которую вы получаете, вероятно, вызвана неправильным синтаксисом в файле .htaccess. Было бы полезно, если бы вы показали нам, что у вас есть во всех файлах .htaccess.
В качестве альтернативы вы можете посмотреть в журналах ошибок Apache /var/log/apache2/error.log для получения более конкретной информации об ошибке.