у нас была эта проблема также. После обновления Debian 9 в 2018-06 году rsyslogd больше не записывал файлы журналов.
Запустив
service rsyslog status
Мы обнаружили, что файл
/etc/rsyslog.d/named.conf
не читался должным образом, и поэтому rsyslogd вообще не работал.
Нам не нужна была специальная регистрация Bind9 (DNS), поэтому мы переместили файл в расширение, которое не будет загружено:
mv /etc/rsyslogs/named.conf /etc/rsyslogs/named.conf.bak
После перезапуска rsyslogd
service rsyslog restart
auth.log и другие файлы теперь работают как положено.