Вы загружаете модуль PHP? В вашем httpd.conf проверьте:
LoadModule php5_module libexec/apache2/libphp5.so
Конечно, вы должны изменить путь модуля, туда, где находится ваш libphp5.so.
Кроме того, вам также нужна ваша запись
AddType application/x-httpd-php .php
Если вы хотите использовать индексы с .php, измените условие dir_module:
<IfModule dir_module> DirectoryIndex index.html index.php </IfModule>
Но прежде чем запускать все это, вы можете запустить apt-get:
apt-get install libapache2-mod-php5