Перед копированием воспользуйтесь утилитой Linux unix2dos : конвертер текстовых файлов UNIX в DOS.
После копирования обратно из Windows используйте утилиту Linux dos2unix : DOS / MAC в конвертер текстовых файлов UNIX.
Другие утилиты и библиотеки программирования также могут выполнять это преобразование конца строки.