Не существует «официального» места для их размещения. Вы можете разместить их где угодно. Единственное, что нужно беспокоить, это доступ. Убедитесь, что у вас и у всех других учетных записей, которые будут обращаться к переносным приложениям, есть надлежащие разрешения для доступа и запуска приложений.
Лично я помещаю их в папку в корне жесткого диска, в нечто вроде «утилиты», так как тогда я знаю, где их найти, если это необходимо. Для приложений, которые я использую на нескольких компьютерах, я могу установить их в Dropbox / Google Drive / OneDrive, чтобы иметь доступ к ним на всех моих компьютерах.