Если вы хотите исключить дочерние папки из синхронизации, просто добавьте в них системный атрибут. Windows Live Mesh не будет синхронизировать системные файлы . Вы также можете сделать это с отдельными файлами.
Откройте приглашение CMD и введите:
attrib +s c:\mysyncedfolder\myexcludedfolder