Да, вы можете использовать несколько аналитических программ. Мы используем Google Analytics и Hit Analysis без проблем (я разработчик в Hit Analysis).
Проблема в отслеживании посетителей нелегка - и поэтому результаты никогда не бывают точными. У людей есть интернет-безопасность, другой браузер, другие настройки браузера, включение или выключение JavaScript, включение или отключение файлов cookie, список можно продолжать и продолжать.
Вот почему многие аналитики говорят, что вы всегда должны использовать более 1 программы. Это, надеюсь, даст вам более сбалансированный взгляд.