Согласно этой теме в списке рассылки pandoc-обсудить, вы сможете расширить ссылки, добавив
-t markdown-citations
на ваши аргументы Пандока. Это означает «уценка минус цитаты» - то есть вы отключаете citations
расширение в выходном формате, поэтому ключ цитирования будет расширен в выходных данных. (По крайней мере, так я это понимаю.)
Я попробовал это с вашим минимальным примером и версией pandoc 1.17.0.2, и он привел к следующему выводу:
**???** <div id="refs" class="references"> <div id="ref-PTDL2008"> <span style="font-variant:small-caps;">Papazoglou, Michael P.</span> ; <span style="font-variant:small-caps;">Traverso, Paolo</span> ; <span style="font-variant:small-caps;">Dustdar, Schahram</span> ; <span style="font-variant:small-caps;">Leymann, Frank</span>: Service-Oriented Computing: State of the Art and Research Challenges. In: *International Journal of Cooperative Information Systems (IJCIS)* Bd. 17 (2008), Nr. 2, S. 233–255 </div> </div>
Таким образом, ссылка была отформатирована, но содержит HTML-теги для вещей, которые уценка не может сделать изначально. Если вы хотите «чистую» уценку, вам нужно отключить еще несколько расширений в вашем выходном спецификаторе - используйте
-t markdown-raw_html-citations-native_divs-native_spans
и вы получите
**???** PAPAZOGLOU, MICHAEL P. ; TRAVERSO, PAOLO ; DUSTDAR, SCHAHRAM ; LEYMANN, FRANK: Service-Oriented Computing: State of the Art and Research Challenges. In: *International Journal of Cooperative Information Systems (IJCIS)* Bd. 17 (2008), Nr. 2, S. 233–255
Теперь "маленькие заглавные буквы", предписанные файлом CSL, теперь аппроксимируются с использованием простых старых столиц.
К сожалению, это только приводит вас к решению проблемы: библиографическая запись отформатирована правильно, но по какой-то причине сама цитата в тексте выглядит так **???**
. Пока что я не нашел решения для этого.