Стыковка Notepad ++ довольно примитивна по сравнению, скажем, с Visual Studio или MATLAB.
Это невозможно для реальных закрепляемых окон, но вы можете частично смоделировать их, оторвав окна (перетащите их строку заголовка, пока не появится контур окна) и расположив плавающие окна.
Чтобы избежать случайной потери при перемещении окон, вы можете создать резервную копию файла config.xml.