Я столкнулся с той же проблемой на Centos 6.2. Это работает после того, как я закомментирую, включаю в файл pam следующим образом. Я использую ArchLinux Wiki в качестве ссылки.
auth required pam_unix.so auth required pam_env.so auth required pam_google_authenticator.so #auth required pam_sepermit.so #auth include password-auth ...