Попробуйте следующее:
gconftool-2 -t string -s /desktop/gnome/url-handlers/magnet/command "/usr/bin/deluge '%s'" gconftool-2 -t bool -s /desktop/gnome/url-handlers/magnet/needs_terminal false gconftool-2 -t bool -s /desktop/gnome/url-handlers/magnet/enabled true
Перейдите /usr/bin/deluge
в правильное местоположение для вашей системы.