Команда rename
допускает подстановочный знак:
rename *.txt *.md
переименует все файлы за один вызов в текущем каталоге.
Теперь вам просто нужно пройти все каталоги вниз от корневого каталога. Для этого есть for
команда:
cd /d <rootdir> & for /R %d in (.) do @echo %d
Собираем все вместе:
cd /d <rootdir> for /R %d in (.) do @rename "%d\*.txt" *.md