Я использую GIMP под Linux, но, глядя на ваши настройки, вы можете избавиться от слоя прозрачности (если он не требуется для изображения), но, что более важно, в разделе «метод размера» выберите «изменить размер».
Вероятно, происходит то, что изображение с пониженной частотой имеет намного больше цветов и информации, потому что оно сглаживает изображение, чтобы придать ему более гладкий вид.