Это на самом деле очень просто. Вам просто нужно два USB-накопителя. Создайте Live USB на одном флэш-накопителе, запустите установку и укажите установку на второй флэш-накопитель. Просто убедитесь, что вы пишете в правильное место, чтобы не перезаписывать что-то еще.
Я активно запускаю Linux с 2-гигабайтного флэш-накопителя для файлового сервера, поэтому я могу выделить все подключения SATA к жестким дискам.