htop имеет жестко заданную цветовую схему, и чтобы изменить ее, вы можете только исправить исходный код и создать собственный htop (см. связанную проблему )
С другой стороны, код цвета, который некоторые терминалы отображают как черный, другие - как темно-серый. Вы можете проверить, поддерживает ли терминал изменение цветовой схемы, и просто переключить черный цвет на подходящий.
Проверьте, есть ли в вашем терминале параметр «Использовать яркие цвета для жирного текста», это также может помочь.