Из вашего требования я понял следующее: вы хотите копировать только НЕПРАВИЛЬНЫЕ сообщения в целевую папку, избегая дублирования.
Для этого вам нужно поработать над UID сообщений в исходном сервере / папке. Потому что UID сообщения уникален в конкретной папке. Также вам необходимо сохранить UID «скажем, N» последнего сообщения из исходной папки, скопированной в целевую папку. В следующем цикле копирования вам необходимо скопировать все сообщения исходной папки с UID больше, чем «N».
В этом процессе копирования также должна использоваться UIDVALIDITY, связанная с папкой. Более подробная информация может быть предоставлена в случае необходимости.