Java-исключения печатаются в стандартном потоке ошибок.
Чтобы передать стандартный поток ошибок (дескриптор файла 2) в файл, вы можете сделать:
batchfile.bat 2>> errorlog.txt
Чтобы передать как стандартную ошибку, так и стандартную в один файл:
batchfile.bat >> logfile.txt 2>&1
Вы можете сделать то же самое в Unix и Windows