Выяснилось: только файл Hypersonic DB 1 необходимо скопировать на новую машину (в этом случае старая машина запускает funambol 9, а новая funambol 10):
$FUNAMBOLHOME/tools/hypersonic/data/funambol.script
1 технически это не файл БД, а набор команд sql для восстановления последнего состояния БД, потому что гиперзвуковой является БД в памяти