Настройки CCleaner сохраняются в разделе реестра [HKEY_CURRENT_USER\Software\Piriform\CCleaner]
С regedit.exe вы можете экспортировать это в * .reg файлы. Затем, когда вы перезагрузите компьютер, вы можете импортировать reg-файл, и вы снова вернетесь к работе.