Если этот каталог ведет себя правильно (т.е. показывает список файлов, а не выдаёт странные ошибки ввода-вывода или тому подобное), то это каталог, а не файл.
Изменение типа inode приведет к повреждению файловой системы и ничего больше. (Вы могли бы сделать это с помощью средств отладки файловой системы, которые специфичны для файловой системы и довольно опасны - сделайте резервную копию того, что вы можете, прежде чем пытаться что-то подобное. Пример для файловых систем Linux ext:. debugfs)
Похоже, вы должны искать программное обеспечение, которое упакует этот «извлеченный» контейнер обратно в один файл, если это то, что вам нужно.