Вам не нужно компилировать MonoDevelop самостоятельно, и я точно знаю, что сборки GTK и GDK находятся где-то внутри [community]. Однако я не уверен, о какой unixсборке вы говорите.
Вы пытались прочитать то, что должна была сказать вики ? Я следовал этим инструкциям, чтобы настроить среду разработки для Mono около 2 недель назад, и у меня не было никаких зависаний