Я хотел бы начать с диспетчера задач или монитора ресурсов и искать другие вещи, кроме процессора (в основном, память и диск).
Могу поспорить, что проблема связана с использованием диска (возможно, у вас недостаточно памяти и вы используете файл подкачки, или, возможно, обновления Windows выполняются в фоновом режиме).