Я не знаю ничего, что запускается через ПК, но вы можете посмотреть что-то вроде MortScript ( http://www.sto-helit.de/index.php?module=page&entry=ms_overview&action=view ), которое используется для записи скрипты для запуска на кпк.
Вы, вероятно, обнаружите, что он может сделать целый ряд других вещей, которые могут оказаться полезными.
Лично я бы не стал использовать его для производства, но для таких задач поддержки он вполне мог бы подойти.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Другой вариант может быть что-то вроде этого: http://www.mochasoft.dk/freeware/ftpd.htm - бесплатный FTP-сервер для Windows Mobile. Опять же, для этого нужно что-то установить на КПК.