Видимо, --init-command=COMMANDS
опция запуска была добавлена в fish 2.7
Что-то в этом роде должно сработать:
fish --init-command='source /path/to/alternate/fish.config'
Но я не могу проверить, так как мы используем здесь рыбу 2.4.0. Может быть, есть обходной путь?