Основной ответ заключается в том, что они используют различные «оболочки» вокруг Eclipse для взаимодействия с операционной системой хоста.
Существует версия SWT (инструментарий GUI, используемая Eclipse), которая работает с Carbon, и версия, которая работает с Cocoa - так что вы выбираете не столько выбор версий Eclipse, сколько выбор какой версии SWT вы предпочитаете.
Преимущества Carbon в том, что он быстрее и более зрелый, поэтому технически он должен быть более стабильным. Тем не менее, Carbon был более или менее заинтересован в том, что Apple планирует не переводить его на 64-разрядную версию, и разработчики переходят на использование своего API-интерфейса Cocoa.
Преимущества Cocoa - лучшая интеграция и бесплатные дополнительные функции, доступные в операционной системе (например, проверка орфографии, различные сочетания клавиш в диалогах открытия / сохранения), улучшенная поддержка Spaces и т. Д.) Кроме того, вы можете использовать 64-битную версию, если вы бы хотели, но для этого потребуется 64-битный процессор (который, если у вас есть Intel Mac, вам почти гарантировано - только несколько моделей поставляются с 32-битными процессорами)