Я нашел решение сам.
Просто отредактируйте library.xml
файл с помощью блокнота, который находится под
C:\Users\(your account)\AppData\Roaming\www.kiwix.org\Kiwix\Profiles\<something>.default
Добавьте путь индекса как
indexType="xapian" indexPath="D:\Kiwix\data\index\wikipedia_en_all_02_2014.zim.idx
Замените свой собственный адрес индексного файла перед записью заголовка, что-то вроде
title="Wikipedia" description="The Free Encyclopedia" language="eng" date="2014-02-21"
и сохранить его.