Здесь нет риска. В зависимости от того, о каких колпачках вы говорите, во время работы платы они либо: а) постоянно заряжаются частично, либо частично разряжаются много десятков тысяч раз в секунду, либо б) постоянно находятся под напряжением. То, что они могут быть частично заряжены при включении питания, даже если включение происходит сразу же после выключения питания, не является проблемой.
Задержка включения была гораздо более вероятной из-за состояния источника питания, в любом случае, на материнской плате ничего не происходило. Вам не нужно беспокоиться о состоянии крышек блока питания, если только вы не разбираете его.