Изменить: мой первоначальный ответ был неверным, и работал как случайность. Комментарий Камиля ниже побудил меня пересмотреть.
Следующие команды работают для меня, включая пути с пробелами в них.
bind-key . run -b 'tmux rename-window "`basename \"#\"`"'
или же
bind-key . run -b 'NEWNAME="#"; tmux rename-window "$"'