Это происходит со мной, когда я удаляю stickyиз own_window_hintsстроки в conkyrc, поэтому добавление его должно решить вашу проблему.
own_window_hints undecorated,below,skip_taskbar,skip_pager,sticky Возможно, вы захотите взглянуть на эту страницу в удивительном документе.