Что вы используете, чтобы подчеркнуть текст? Я предполагаю, что это нечто иное, чем то, \underbar{}что не влияет на поток и упаковку. Вы можете увидеть базовый TeX в LyX с помощью View ➤ View Source.
Кроме того, в TeX, как правило, подчеркивание следует использовать редко, поскольку это соглашение пишущих машинок, а не наборщиков. Курсив, смена шрифтов и даже прямоугольники - лучшие способы выделить текст в TeX. Я также предполагаю, что было довольно трудно заставить LyX подчеркнуть, и поэтому вы случайно оказались в неделимом TeX, boxкоторый по определению не может обернуться.
LyX довольно изящен в своих действиях, но это всего лишь обертка для TeX и, скорее всего, будет вызывать больше таких загадок, когда его провоцируют. Я не говорю «изучать TeX», я предлагаю вам ознакомиться с «настоящим документом», оставив открытым исходный вид.