При смене слотов не должно быть никакой разницы, за исключением того, что, возможно, придется снова проверять порядок загрузки в BIOS.
Кроме того, современные окна (7 или новее и их серверные аналоги) довольно гибки, когда дело доходит до аппаратных изменений. Мне удалось даже поменять местами материнскую плату при установке на диск PCIE NVME.