Еще один способ сделать это - указать шаблон исключения, чтобы rsync не касался файла .htaccess.
rsync --exclude-from=/home/user/.rsync/exclude.pat ...
И файл exclude.pat должен быть в следующем формате:
- /.htaccess - .htaccess
Первая запись скажет rsync об исключении только корневого .htaccess, вторая - об исключении всех файлов .htaccess в дереве синхронизации. Вы можете посмотреть это в руководстве по rsync.