Страница man для xargs гласит:
-Я заменяю-ул
Replace occurrences of replace-str in the initial-arguments with names read from standard input. Also, unquoted blanks do not terminate input items; instead the separator is the newline character. Implies -x and -L 1.
Другими словами, вы в конечном итоге с одним аргументом под названием " 20170105170516234.pdf 20170105173126944.pdf 20170105173209758.pdf 20170621163418079.pdf
"
Я предлагаю отказаться от xargs и переупорядочить вашу команду примерно так:
pdftk $(exiftool -p exifprintformat -if '$Subject =~/DATA/i' -q *.pdf |grep pdf |sed 's/ //g'| tr '\n' ' ') cat output binder1.pdf
Все это предполагает, что у вас нет пробелов в именах файлов (безопасное предположение, так как вы все равно удалили все пробелы с помощью sed).