Окно консоли NppExec запускается как дочерний процесс, что означает, что обновление отображения окна консоли, а также запуск основной программы выполняются в одном потоке . По умолчанию выходные данные оператора печати Python буферизуются и выполняются в том же потоке, что и родительский скрипт, поэтому выходные данные должны отображаться в небуферизованном режиме . Это сделано с -uфлагом.
Используйте python -u script.pyвместо обычного python script.py, как можно видеть в этом вопросе .