Если вы тщательно выбираете правильный диск во время установки, то совершенно безопасно оставить его во время установки, но если оба диска имеют одинаковый размер / марку / модель, может быть сложно определить, какой из них правильный.
И в ноутбуке не всегда считается, что C: является первым диском, а D: вторым. Кроме того, Windows может фактически загружаться с одного диска и иметь C: на другом диске.
Просто временно отключите диск (или отключите его в BIOS, если у вас есть такая опция).
Таким образом, вы можете быть уверены, что установка SUSE его не увидит.
После установки переподключите диск и смонтируйте его в SUSE.
Это самый безопасный путь. Нет шансов случайно испортить диск с данными.