С FFmpeg, который никоим образом не перекодирует видео и, следовательно, сохраняет качество:
ffmpeg -i file.mpg -c:v copy -c:a copy file.avi
В пакетном файле, например, для Linux:
while IFS= read -d $'\0' -r file ; do ffmpeg -i "$file" -c:v copy -c:a copy $.avi done < <(find . -iname '*.mpg' -print0)
В пакетном файле, например, для Windows:
for /r %%i in (*.mpg) do ( ffmpeg -i %%i -c:v copy -c:a copy %%i~n.avi )
В последнем примере требуется сборка Windows ffmpeg .