Ваш код должен работать
$ folder="$(echo 1; echo 2)"; while read -r line; do echo "line: $line"; done <<< "$folder" line: 1 line: 2
Но в вашем случае я бы использовал это:
aws s3 ls s3://a-bucket/users/ --recursive | grep $ | cut -c 32- | while read -r line do aws s3 cp s3://a-bucket/"$line" 'c:/users/basud/desktop/testerData' --recursive done
Чтобы отладить ваш оригинальный скрипт (или любой другой), запустите его с bash -x
.