По крайней мере, в более старой версии около 2013 года (3.1.0.0) было рекомендовано, чтобы пользователи меняли сплиттер, используемый программой.
Предпочтения (F2) -> Splitter -> вкладка General и выбор MP4, MOV -> Gabest splitter (или любой другой, но не по умолчанию).
Решение, как описано здесь: http://forums.kmplayer.com/forums/showthread.php?t=24676&highlight=m4a